病理科亦称为临床病理科，其在医学中的地位早有定论，医界先导W.Osler 教授早就说过：“病理为医之本”。病理主要是用显微镜观察人体组织细胞的精微变化，从而作出疾病的诊断，故较准确，人称病理诊断是“最后诊断”、“金标准”。特别对肿瘤，“良性恶性最后由病理定”这是公认的。近年来更是大量开展免疫组化新技术，通过单克隆抗体，能检出切片中极微量的特异抗原（蛋白质）分子，使肿瘤的分类更加确切，使治疗更加有的放矢。
巨鹿县医院病理科是巨鹿县唯一一家从事病理诊断机构。目前科室人员共5名，其中副主任医师1名，医师3名，技师1名，均具备临床执业资格，科室人员分别在北京军区总院、天津肿瘤医院、河北医科大学第四医院、邢台市人民医院、邢台市三院等多家医院进修参观学习，多次参加全国及省市病理学术培训班学习，共发表各类学术论文7篇。并于2011年成功承办了邢台市病理年会学术讲座暨河北省第二届徕卡杯病理技术切片选拔赛，科室同时获得了河北省邢台市地区病理切片比赛第三名的好成绩，此次并成功邀请到北京武警总医院生物治疗中心及病理科主任纪小龙教授亲临我院授课。2012年医院被卫生部、省卫生厅确定为《上消化道癌早诊早治技术》项目点以来，病理与内镜相互协作，承担了巨鹿县每年上消化道癌早诊早治技术项目；2015年8月6日，高标准的病理实验室投入使用，同时与河北省医科大学附属第四医院病理科建立了协作帮扶科室关系，省四院病理学专家定期来科室坐诊，科室还与北京各大医院病理专家建立了会诊网络平台。2015年10月25日，科室的“希望圈”代表医院参加了在深圳举办的的第三届全国医院品管圈大赛荣获优秀奖。通过近几年的发展，科室先后引进了德国徕卡CM1950冰冻切片机，德国徕卡RM2016、RM2235病理切片机，TS-12C型生物组织脱水机，BCT-520、BCT620液基薄层细胞学制片机，摊片烤片机及石蜡包埋机两套，德国蔡司五人共览显微镜一套，OIYMPUS CX41三目显微镜1台、OIYMPUS CX21两台、LELCA DM1000三目显微镜1台，罗氏免疫组化全自动染色仪，远程病理会诊数字扫描系统，病理及液基图文系统。实现了病理技术从手工化向自动化成功转型，病理诊断从单一化向多元化迈进，病理管理从复杂化向规范化发展，病理理念从幼稚化向成熟化渐进，病理水平从低端化向高端化攀升。逐步发展成集病理常规活检、穿刺活检、免疫组织化学染色、远程病理会诊平台、液基薄层细胞学、超声介导下甲状腺穿刺细胞学、浆膜腔及其他常规细胞学、冰冻切片诊断及静脉血液检测产妇羊水栓塞等病理诊断技术，为巨鹿县及周边县的肿瘤患者的诊断做出了卓越贡献，真正达到了病理诊断肿瘤的“金标准”。
